V utorok 11. septembra 2001 v Kňazskom seminári v Badíne sa uskutočnilo mimoriadne 39. plenárne zasadanie KBS. Hlavná téma rokovania bola: „Základná zmluva medzi Svätou Stolicou a Slovenskou republikou, jej aplikácia a začiatok prác na parciálnych zmluvách.
Apoštolský nuncius v SR Mons. Jozef Nowacki sa v úvode odvolal na prísľub prezidenta Slovenskej republiky Rudolfa Šustera, ktorý pri výmene ratifikačných listín Základnej zmluvy prisľúbil podporu uzatvorenia ďalších medzinárodných zmlúv, ktoré predpokladá Základná zmluva. Vychádzajúc najmä z článkov 7, 13, 14 a 20 Základnej zmluvy ide o štyri oblasti (a teda štyri parciálne zmluvy): uplatňovanie práva výhrady vo svedomí, školy a vyučovania náboženstva, duchovná služba v armáde a policajnom zbore a finančné zabezpečenie Cirkvi.
ďalej Apoštolský nuncius navrhol metodologický postup prác: menovať predsedu zmluvnej komisie ako koordinátora všetkých prác a menovať štyri expertné komisie na prípravu textov parciálnych zmlúv. Analogicky by mala vymenovať expertné komisie aj Slovenská republika. Úlohou každej expertnej komisie je príprava textov, z ktorých zmiešané expertné komisie pripravia spoločný text.
Úlohou dnešného stretnutia bolo určiť predsedu Zmluvnej komisie, ktorým sa stal Mons. Rudolf Baláž.
ďalej boli zvolení koordinátori expertných komisií pre jednotlivé oblasti:
pre uplatnenie výhrad vo svedomí: Mons. František Tondra;
pre školstvo a vyučovanie náboženstva: Mons. Bernard Bober;
pre duchovnú službu v armáde a v polícii: Mons. Ján Sokol;
pre finančné zabezpečenie Katolíckej cirkvi: Mons. Vladimír Filo.

Novozvolený predseda Zmluvnej komisie Mons. Rudolf Baláž navrhol, aby jednotliví koordinátori začali bezprostredne prípravne práce.